Sau quá trình tu học dài hạn tại các cơ sở chủng viện theo quy định của Giáo luật Giáo hội Công giáo, ngày 31 tháng 5 năm 1958, Phó tế McCarrick, 28 tuổi, tiến đến việc được truyền chức linh mục, với phần nghi thức được cử hành bởi Hồng y Francis Joseph Spellman, Tổng giám mục đô thành Tổng giáo phận New York, bang New York cử hành. Tân linh mục cũng là thành viên của linh mục đoàn Giáo phận này.[5]

McCarrick từng đảm nhận vai trò Chủ tịch Hội Sinh viên kiêm Giám đốc Phát triển Đại học Công giáo Hoa Kỳ, trước hi trở thành Chủ tịch Đại học Công giáo Puerto Rico, Ponce từ năm 1965. Năm 1969, linh mục McCarrick được triệu hồi về Tổng giáo phận New York và được bổ nhiệm làm Trợ tá Thư ký từ về Giáo dục và Thư ký cho Hồng y Terence Cooke từ năm 1971.[3][4]